PDB - Protein Data Bank

PDB (Protein Data Bank) este o arhivă de structuri 3D ale macromoleculelor biologice determinate experimental, destinată să servească comunitatea mondială a cercetătorilor, educatorilor şi studenţilor. Arhivele conţin coordonatele atomice, referinţele bibliografice, informaţii primare şi secundare referitoare la structură, precum şi factorii de structură cristalografică şi datele experimentale RMN (NMR).

Unde se află această bază de date şi cum se accesează?

URL paginii home este http://www.rcsb.org/pdb/

Accesul se poate face chiar din pagina home care permite interogarea bazei de date fie pe baza PDB ID fie un cuvânt cheie (keyword).

Ce este PDB ID?

Fiecare structură în PDB este reprezentată printr-un nume de indentificare format din 4 caractere alfanumerice. De exemplu, 4hhb şi 9ins sunt codurile de identificare pentru intrările corespunzatoare hemoglobinei şi indulinei. Multe dintre paginile sitului WEB PDB, inclusiv pagina home, permite introducerea acestui PDB ID şi obţinerea informaţiei corespunzătoare structurii căutate. Dacă nu cunoaşteţi PDB ID, căutarea se mai poate face şi prin cuvinte cheie din pagina home sau o căutare mai rapidă numită SearchLite descrisă în continuare.

SearchLite

Interogarea SearchLite caută informaţia text a fiecărui fisier PDB după cum urmează:

Localizează frazele căutate. O interogare pentru protein kinase, de exemplu, va gasi fraza "protein kinase" NU cuvintele protein şi kinase separate.
Interogările după cuvinte parţiale permit găsirea tuturor cuvintelor în care sunt incluse aceste secvenţe de litere, ce excepţia cazului cand se bifeaza caseta (checkbox) exact word match. O cautare pentru hend va gasi atât hendrickson cât şi henderson atunci când caseta anterioara nu este bifată, dar va găsi doar hend în cazul bifării casetei.
O nouă casetă de selecţie permite renunţarea la secvenţele omologe (remove sequence homologues). Detalii suplimentare sunt descrise în secţiunea

Redundanţa în PDB.

Interogarile tip text pot fi modificate prin utilizarea atributelor fişierelor PDB. O căutare după autorul brown va identifica toate structurile care conţin brown în înregistrările PDB AUTHOR. Lista atributelor este descrisă în secţiunea Atributele PDB.

12-Jan-2012