55
|
|
|
|
55 |
SCOP - Structural Classification of Proteins
Pentru a uşura īntelegerea şi accesul la informaţia disponibilă despre structura proteinelor, au fost realizate mai multe tipuri de baze de date. Printre primele se evidenţiază cea de la Universitatea Cambridge avānd la bază o clasificare structurală cunoscută sub numele de SCOP - Structural Classification of Proteins [MUR995]. Această bază de date furnizează o detaliată şi cuprinzătoare descriere a legăturilor structurale şi evoluţionare ale proteinelor cu structură studiată. Ea furnizează pentru fiecare intrare legături către coordonate, imagini ale structurii, programe speciale de vizualizare 3D numite interactive viewers, secvenţe de date şi referinţe către literatura ce descrie sau se referă la o proteină anume.
Bazele de date pot fi privite ca o colecţie de mai multe tabele fiecare avānd o structură bine definită - īn esenţă o semnificaţie a coloanelor adică a capului de tabel numita heder -. O linie dintr-un tabel se crează la un moment dat şi se numeşte īnregistrare sau intrare. Oricare linie poate fi ulterior modificată sau stearsă ulterior īn cadrul operaţiilor ce se fac curent cu baza de date. Īntre tabele există de obicei legături specifice obţinīndu-se astfel aşa numita bază de date relaţională.
Două facilităţi de căutare sunt īn principal disponibile. O căutare omologică permite utilizatorilor să introducă o secvenţa şi să obţină o listă a oricăror structuri cu care această secvenţă are un grad ridicat de similaritate. Căutarea după cuvinte cheie găseşte, pentru un cuvānt introdus de către utilizator, secvenţe de text din baza de date sau hedere ale fişierelor ce descriu baza de date de proteine Brookhaven. Baza de date este accesibilă fără restricţii pe WWW (World Wide Web) la adresa (URL) http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/.
© Cornel Mironel Niculae, 2003-2004
13-Nov-2009