Analiza rapotului primit la exercitiul 1

65

           După linia Searching...Done, este dată o imagine.

Imagine generată automat de serverul BLAST reprezentând gradul de omologie al secvenţei introduse cu secvenţele prezente în baza de date.

            În aceasta imagine,  linia roşie reprezintă secvenţa introdusa. Această linie are în imediata vecinătate o scală reprezentând numărul de nucleotide. Sub scală sunt date numeroase linii de diferite lungimi şi culori fiecare reprezentând o secvenţă din baza de date. Fiecare dintre ele ar trebui examinată în parte. Dacă secvenţa există în baza de date, linia imediat următoare ar trebui să aibă aceeasi lungime reprezentând o identificare completă a secvenţei introduse. Dacă toate liniile sunt mai scurte ca în exemplul nostru, atunci probabil că secvenţa introdusă nu este în baza de date şi lprima linie după scală reprezintă secvenţa cu care secvenţa are cel mai lung aliniament. Toate liniile care urmează sunt mult mai scurte, Aceasta ilustrează  într-un mod grafic că celelalte au un grad mai redus de homologie cu secvenţa introdusă.

            În continuare, raportul prezintă o listă cu descrierea liniilor ce reprezintă secvenţe din baza da date. Dăm în continuare primele 7 linii din această listă

            Valoarea E este importantă. Este ultimul număr de pe linie şi reprezintă cât de aproape este secvenţa introdusă de secvenţa respectivă din baza de date. Cu cât este mai apropiată de zero această valoare, cu atât secvenţa introdusă este mai asemănătoare cu secvenţa listată din baza de date.  Această valoare reprezintă probalilitatea de apariţie a unui astfel de aliniament din pură întămplare.

            Din linia a doua aflăm că este vorba de o secvenţă din AND-ul uman şi anume gena lamin B1.

            Mai departe în raport putem examina aliniamentele care au fost găsite. Acestea sunt listate în aceeordine ca în lista anterioară. Un scurt exemplu este dat în continuare:

Query: 1   aaaagaaaaggttagaaagatgagagatgataaagggtccatttgaggttaggtaatatg 60
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 1   aaaagaaaaggttagaaagatgagagatgataaagggtccatttgaggttaggtaatatg 60

Query: 61  gtttggtatccctgtagttaaaagtttttgtcttattttagaatactgtgatctatttct 120
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 61  gtttggtatccctgtagttaaaagtttttgtcttattttagaatactgtgatctatttct 120

            Putem vedea că există o potrivire de 100% dintre secvenţa introdusă (Query) şi secvenţa în discuţie din baza de date (Sbjct). Bara (|) care uneşte două nucleotide indică homologia. Lipsa acestei bare indică lipsa homologiei (o nepotrivire).

            Pe măsură ce avansăm în raport secvenţele prezintă aliniamente cu un scor din ce în ce mai mic apărând gap-uri din ce în ce mai mari.

            Nepotrivirilor pot fi datorate mai multor cauze dintre care enumerăm: un punct de mutaţie în secvenţa introdusă (care poate fi interesant), o eroare de secvenţiere (datorită compresiei gelului, de exemplu), sau chiar o intrare în baza de date incorect raportată. 

            Pentru fiecare linie din lista anterioară, ca şi la începutul aliniamentelor sunt date link-uri către informaţii detaliate despre secvenţa din baza de date. Un astfel de link este L37747.

    Cea mai importantă informaţie din acest fişier se află chiar pe prima linie. Din ea aflăm că numele HSLAM11 reprezintă ID-ul secvenţei din baza de date.

© Cornel Mironel Niculae, 2003-

12-Jan-2012